Bardzo często shisha jest uznawana za alternatywę dla palenia papierosów. Wybierają ją przede wszystkim te osoby, które stosują tytoń nikotynowy. Wówczas można uzyskać podobny efekt do palenia papierosów.
Różnica pomiędzy shisha a papierosami dotyczy głównie samej metody palenia tytoniu, a także szkodliwości tego procesu.
Podczas palenia shishy stosuję się wodę lub inny płyn, na przykład wodę z lodem, wodę z miętą, mleko. Płyn zmiękcza i łagodzi dym w shishy. Palenie jej bez płynu spowodowałoby zbyt intensywny smak i aromat spalanej mieszanki.
Shisha różni się też od palenia papierosów ze względu na sposób obróbki termicznej tytoniu. W papierosie tytoń się spala, natomiast w shishy praży, dlatego też proces spalania jest niepełny. Wydziela się wtedy duża ilość tlenku węgla i to on jest głównym czynnikiem szkodliwym w paleniu shishy.
W trakcie palenia powstają jednak znikome ilości substancji smolistych – jest ich znacznie mniej niż przy paleniu papierosów, niemniej jednak są one obecne i przedostają się do układu oddechowego. To powoduje, że palenie shishy nie powinno być uznawane za zdrowe, chociaż może być to lepsza alternatywa dla osób, które są uzależnione od nikotyny.
Shisha nie jest polecana dla sportowców i osób z chorobami układu oddechowego, ponieważ może powodować niedotlenienie organizmu, zmniejszenie wydolności pracy płuc, może przyczyniać się do rozwoju chorób, w tym także nowotworów płuc, krtani, gardła, jamy ustnej.